Allerdings hatte zuvor schon Ambrosio Rianzares Bautista die der philippinischen Unabhängigkeitserklärung verfasst. Diese wurde am 12. Juni 1898 in Kawit unter der neuen
Flagge der Philippinen feierlich verlesen und die erste Version der Nationalhymne wurde gespielt. Der Konflikt war also vorprogrammiert. Der Philippinisch-Amerikanischen Krieg der philippinischen Unabhängigkeitsbewegung gegen die neue Kolonialmacht der Vereinigten Staaten dauerte von 1899 bis 1902. Erst am 4. Juli 1902, dem Amerikanischen Unabhängigkeitstag, erklärte der neue Präsident
Theodore Roosevelt den Krieg für beendet. Zwischen 200.000 und 1,5 Millionen philippinische Zivilisten kamen aufgrund der Kampfhandlungen während des Krieges und einer Cholera-Epidemie ums Leben
Die Annexion der Philippinen und anderer Gebiete stieß in den USA nicht auf ungeteilte Zustimmung. Waren doch die Vereinigten Staaten ebenfalls in einem Befreiungskrieg gegen Kolonialherren entstanden. Die
American Anti-Imperialist League sprach sich gegen die Annektierung der Philippinen und anderer Gebiete aus und es gehörten ihr prominente Persönlichkeiten wie Mark Twain, William James, George S. Boutwell, Samuel Gompers und Carl Schurz an. Im Krieg publizierte die Liga Kriegsberichte von Soldaten, um über die Gräuel während der Kämpfe aufzuklären.